Das Funktionieren einer gemeinsamen Region hängt wesentlich auch von der Erhaltung eines attraktiven Grünraums ab. Dies war bereits ein maßgebender Themenbereich bei den ersten Projekten der PGO und wird auch weiterhin eine wichtige Rolle bei der Zusammenarbeit der drei PGO-Länder spielen.
So war beispielsweise die PGO an der Einrichtung des Nationalparks Donauauen, bei der Deklaration zum Schutz des Wienerwaldes oder an der späteren Einrichtung des Biosphärenpark-Managements Wienerwald maßgeblich beteiligt.